Какой стеклопакет посоветуете-дерево или пластик? Есть какие-то преимущества у дерева,

если дороже, то смысла в дереве нет. Но важно качество пластика и самой фурнитуры

Никаких.
Дерево круче потому и дороже.

Лучше, по всем параметрам, но только в том случае если дерево качественное и работа чистая, в противном случае все преимущества теряются.

Недостаток дерева в том, что его иногда придется красить (или покрывать лаком).

Профиль на окна выбирайте пластиковый с европейскими корнями (Германия, Австрия и т.п.) В зависимости от района проживания и типа дома подойдет 3-х камерный или 5-ти камерный. Последний чуть "теплее" и "тише". Некоторые уверяют, что их профиль произведен в Германии (кто-то называет другие страны). Сейчас мало профилей полностью производятся за границей. Химическую основу, да, привозят от туда, но сам профиль делают уже в России. Оборудование импортное, часто даже не бу. Контроль качества, в основном, тоже европейский.
Оконный рынок - это очень конкурентная среда, так что плохое качество не выгодно серьезным производителям.
Говоря собственно о стеклопакете опять же исходите из того, какие у Вас условия: очень шумно, очень холодно, и то и другое. Есть масса стеклопакетов из чего можно выбрать. Кроме профиля и стеклопакетов помните, что большие потери тепла и проникновение шума происходят через строительные конструкции и щели в тех же конструкциях. Возможно нужно и стыки (щели) заделывать для уменьшения потерь тепла и снижения уровня шума.
Почти у каждого производителя профиля есть несколько его разновидностей: простой, средний, улучшенный.  Выбирайте средний. Обычно это оптимально.
О выборе профилей и стеклопакетов читайте по ссылке.

http://www.inlineglass.ru/?id=41 тут есть подборка материалов о том, что такое ПВХ
А тут http://www.inlineglass.ru/?id=19 сравнение пользовательских и ценовых характеристик окон

[1]
Пластиковые и деревянные окна - сравнение (Web)

Дерево, конечно натуральный материал, но при изготовлении окон, дерево используется как губка, пропитанная противопожарными и противогрибковыми пропитками, а сверху покрытое лаком. Т.е. материал натуральный, но отнюдь не экологически чистый.
Самый хороший (читай дорогой) лак рассчитан на 3-5 лет, т.е. каждые 3-5 лет окна надо покрывать лаком заново, а делать это правильно больно хлопотно.
Деревянные окна значительно дороже пластиковых, так как очень затратна технология борьбы с недостатками дерева (дерево гниет, его крутит, хорошо горит и в нем заводится грибок), а не потому что оно "круче".