Вопрос аналогичен такому - "Почему я хорошо бегаю на лыжах, но плохо на коньках"? И ответ аналогичный - "Потому что это разные виды деятельности".
Это - разные виды оружия. У них разные характеристики, назначение и навыки применения.
Назначение длинноствольного - стрельба на (относительно) большие расстояния. С учётом этого, важна и большая кучность боя и энергия пули. Длинный ствол и соответствующий патрон (мощный заряд и остроконечная длинная пуля) позволяет обеспечить точное попадание и проникающую способность пули.
Назначение короткоствольного - ближний бой. Исходя из этого, важны скорость (и удобство) применения, останавливающая способность пули. Хотя, есть и исключения, но это - револьверная, т.е. короткая и/или тупоконечная пуля, которая, гораздо, менее устойчива в полёте. Если стрельба из длинноствольного подразумевает обязательное тщательное прицеливание через соответствующие устройства (мушка, диоптрический или оптика), то для короткоствольного, это, скорее, исключение. Посмотрите инструкции для полицейских (не путайте с "полицаями российского разлива") по применению пистолетов (и револьверов). Там написано, что прицельный выстрел ... третий, и то - в лучшем случае. Т.е. первый выстрел производится сразу после извлечения пистолета (вероятней всего, под ноги нападавшему), второй - "с руки", без прицеливания в сторону цели, и только третий - с прицеливанием. Это - правильное применение. "Почему" правильное - тема отдельная.
Чтобы отлично стрелять из пистолета нужны грамотный (а не тот кто себя таковым считает) инструктор, полигон (имитация условий применения - обычно, город), время обучения - не менее, двух недель непрерывных занятий, не менее 4000 выстрелов, и ... способность этому научится. Такая подготовка даёт "моторику", т.е. стрельба производится не по мушке, а по положению тела (руки, ноги, корпус). Это - своего рода, рефлекторная мышечная деятельность.
По собственному опыту. Стрельба с длинным стволом - "вышивание крестиком", т.е. можно что-то нарисовать в мишени отверстиями от пуль. Каждый выстрел - не спешен и точен. С коротким стволом - полная противоположность. - Мгновенная реакция на раздражитель (свет, звук, тень), вывод ствола в направлении (не прицеливание) раздражителя, и ... рефлекторный выстрел. Рефлекторное в том смысле, что я визуально оцениваю - цель или нет, если цель - то, выстрел. Мыслей при этом не возникает. И тут же, т.е. менее чем через секунду, поправка на цель и второй выстрел, и только третий, в случае отсутствия стреляющего в меня, прицельный выстрел (и то, не закрывая один глаз и без выцеливания). Если в меня стреляют, то смена позиции, и сразу после этого - выстрел. Мне важней, чтобы меня не подстрелили, чем попасть самому. Т.е., в целом, то, что показывают в боевиках - близко к истине. Помните КАК это выглядит - бегают парни и с расстояния 20-25 метров стреляют друг в друга и ... далеко не сразу, попадают. Тот кто замер (тщательно целится) - прекрасная цель и тут же получает пулю.
Такая стрельба "вьедается" в подсознание. Народ веселился, когда я в стрелковом тире, как только беру пистолет в руки, сразу слегка присаживаюсь и после каждого выстрела слегка покачиваюсь из стороны в сторону. Да, головой понимаю, что - нет смысла, подавляю как могу, но, всё равно, видно. А скорость стрельбы и вовсе удивляет "классических стрелков тира". Да, они стреляют точнее, но у меня пули - в мишени, и я - ближе к реальности. Тогда (думаю и сейчас) ментов не учили тактике стрельбы, так что их удивление можно понять. Более того, огневая и тактическая подготовка ... хоть плачь и примеров, подтверждающий это - могу привести достаточно. Мне, чтобы точно попадать (и тщательно целится) нужен или упор, или лечь, тогда, я "переключась" и стреляю, как из длинного ствола. И точность становится такой же, как у типичного "стрелка тира".
Итого. Ниже точность из короткоствольного - нормально. И не стоит на это обращать внимание, если Вы не занимаетесь стендовой стрельбой (судя по стволам - не занимаетесь). Обратите внимание на тактику стрельбы. Чтобы лучше прочувствовать - поиграйте в пейнтбол (так кажется называется, мне не доводилось стрелять шариками с краской). Мне думается, что там прочувствуете, что лучше попасть с десятого выстрела самому, чем быть самому подстреленным.