как perl скриптом под windows обойти папку с подпапками,

Могу написать на PowerShell, если Вас это устроит.

>PowerShell можно будет потом перенести на Linux ?
Переносимость не является сильной чертой PowerShell, так что врядли.

>PetSerAl, давайте попробуем, если интересно.
Тогда надо больше информации: что с чем сравнивать, как именно отмечать?

Add-Type -Path Path\To\MySql.Data.dll #MySql.Data.dll файл из MySQL Connector .Net
$ConnectionString=New-Object MySql.Data.MySqlClient.MySqlConnectionStringBuilder
$ConnectionString.ConnectionProtocol="TCP"
$ConnectionString.Server="ServerName"
$ConnectionString.Port=3306
$ConnectionString.UserID="User"
$ConnectionString.Password="Password"
$ConnectionString.Database="Database"
$Connection=New-Object MySql.Data.MySqlClient.MySqlConnection $ConnectionString
$Connection.Open()
$CreateTableCommand=$Connection.CreateCommand()
$CreateTableCommand.CommandText=@'
CREATE TABLE tablename(
    counter INT UNSIGNED AUTO_INCREMENT,
    md5 CHAR(32),
    PRIMARY KEY (counter)
)
'@
$CreateTableCommand.ExecuteNonQuery()`
|Out-Null
$CreateTableCommand.Dispose()
$InsertCommand=$Connection.CreateCommand()
$InsertCommand.CommandText=@'
INSERT tablename SET md5=@md5
'@
$Parameter=New-Object MySql.Data.MySqlClient.MySqlParameter
$Parameter.ParameterName="md5"
$InsertCommand.Parameters.Add($Parameter)`
|Out-Null
$MD5=[Security.Cryptography.MD5]::Create()
Get-ChildItem Path\To\Files <#замените на путь к файлам#> -Recurse `
|Where-Object {
    !($_.PSIsContainer)
}`
|ForEach-Object {
    $Stream=$_.OpenRead()
    $InsertCommand.Parameters["md5"].Value=-join(
        $MD5.ComputeHash($Stream)`
        |ForEach-Object {
            $_.ToString("X2")
        }
    )
    $InsertCommand.ExecuteNonQuery()`
    |Out-Null
    $Stream.Close()
}
$MD5.Clear()
$InsertCommand.Dispose()
$Connection.Close()