Вопрос не в размере данных - данные можно выгрузить в скрипт и загрузить снова.
Вопрос в том какие правила у СУБД. Например, две очень близкие СУБД Interbase и Firebird могут быть взаимно непереносимыми, потому что в Firebird допускаются значения Null в уникальных индексах, а в Interbase - нет (кстати в Oracle тоже), в результате нужно думать новую структуру, которая не требует значения Null или заменить его на некоторое значение.
Глупости посвященные этой проблеме есть во множестве учебников, например у Кириллова В.В.
а) изучаются особенности обоих БД (например, правила именования таблиц и столбцов, ограничения типов данных, отношение к пустым и NULL-строкам, перечень зарезервированных слов, использование регистров в наименованиях таблиц и полей и прочие "приколюхи")
- если исходная база окажется "переносима", можно выдохнуть, успокоиться и перейти к пункту Б
- если исходная база окажется "непереносима", тут можно либо с грустью забыть об этой идее, либо произвести патч структуры бд до переносимого вида (с еще большей грустью думая о том сколько запросов, клиентских и серверных приложений придется переписать или адаптировать под новую структруру)
б) база очень большая. если это касается данных - то не беда. можно подобрать совместимый с обоими бд формат sql-скрипта экспорта-импорта (попробовав несколько раз прогнать данные туда-сюда можно понять особенности наличия в запросах символов `; и пр.). если это касается количества таблиц-полей, то хуже. у некоторых конверторов в бесплатной демоверсии есть ограничения на их количество. поиском выбрать нексолько конверторов (на одноразовую операцию вам хватит и бесплатной демо-версии), попробовать их в работе, выбрать тот, который сможет переварить всю структуру сразу.