Каким образом все копии мтДНК могут быть идентичны

Митохондрии с мутировавшим ДНК скорее всего не выживут -> размножаются митохондрии с правильным ДНК.
Возможны также нейтральные мутации или положительные (крайне маленькая вероятность).

По идее Вы правы, поскольку вероятность мутации в мтДНК высока (по сравнению с ядерными ДНК, т.к. нет гистонов и ДНК находится вблизи от радикальных реакций). Кроме того, митохондрии с мутантными ДНК выживают, т.к. отрицательное действие дефектного гена одной молекулы мтДНК перекрывается нормальными генами соседок. По логике, должна быть куча мала, как Вы и сказали. Но вместо этого получается так, что во всей мтДНК в пределах одной клетки (а следовательно, и во всех копиях мтДНК отдельной митохондрии в этой клетке) содержится одна и та же мутация либо группа мутаций, то есть ДНК все же в большинстве своем идентичны.
Почему это происходит, неплохо написано в приложенной статье, смотрите страницу 56 и дальше. Вы уж извините, я пыталась путно написать Вам здесь, но получается ересь :)