Бытует мнение, что у древних городов обязательно было сакральное (тайное) имя.

Этрусски вообще были весьма крепки в сакральном знании.. Поищите тексты о гаруспиках..

Во времена античности определённые местности считались священными. Либо из-за совершённого там героем подвига, либо из-за посвящения какому-либо божеству. В данном контексте стоит воспринимать слово "Рим" не собственно как город, а как местность. Со времён Древней Греции существовали традиции проведения мистерий (напр. Элевсинские мистерии, и т.д.). Мистерия - суть "таинство" по-русски. Посвящение в мистерии было сродни вступлению с закрытый тайный клуб. Разглашение действ мистерий и самой их сути сурово каралось (поэт Квинт Соран был убит за разглашение тайного имени Рима). Что касается этого имени Рима, то говорят, что оно тоже было связано с культом Венеры (см. ссылку, правда, на англ. языке).
В Древней Греции города и местности зачастую имели несколько названий (например, остров Схерия (ныне - Корфу) назвался в боле поздние времена Керкирой по имени нимфы).

Да не только города, но и предметы, животны и люди имели тайные, сакральные имена. оттуда пошли все двойные, тройные ит.д. имена