Желательно удостовериться, что проблема имеет аппаратные корни(т.е. описанные симптомы не вызваны запущенными программными процессами, например несколькими активными торрентами или вредоносным кодом генерирующим чрезмерное число обращений к диску) для этого рекомендую загрузится в Безопасном режиме либо загрузится с любого LiveCD/USB(ОС грузиться не на HDD, а непосредственно в RAM) и сравнить как ведет себя ваш жесткий диск в этом режиме, если нагрузка на жесткий диск заметно снизиться, то вероятно симптом был вызван паразитным программным процессом - проверяйте систему на вирусы, но если при обращении к диску слышен специфичный свист или скрежет(головка бешено паркуется, по причине ошибок чтения/записи и наличия непрераспределенных секторов).
Для наглядной диагностики физческого состояния S.M.A.R.T. жесткого диска, рекомендую следующие программы:
1) Crystal Disk Info (Portable версия не требует установки,программа выдает развертку состояния жесткого диска в интуитивно понятном виде, обращайте внимание на показатели температуры и цвет предупреждений - если "Тревога", то необходимо как можно оперативней осуществить полный бэкап всех важных данных на автономный носитель, например Blu-Ray, внешний жесткий диск или облачное хранилище)
2) HDDScan (аналогичные опции, как пользоваться есть видео на youtube)
3) MHDD (консольная утилита, позволяющая "лечить"/помечать программные bad-сектора, от аппаратных bad-секторов естественно не спасет )
4)HardDiskSentinel (уже рекомендовали ранее)
И в случае, если показатели S.M.A.R.T подтвердят, что диск фактически выработал свой ресурс Вам может быть полезна вот эта программа:
5) Clonezilla (LiveCD, позволяющий создавать и развертывать клоны - бэкап-образы дисков)