для быстрого извлечения флешки лучше использовать Фат32, или exFat но
они обе несут с собой риск потери данных при не правильном извлечении флешки
exFat имеет приемущество которое равномерно разбрассывает данные на флешке что приводит к меньшму износу флешки, но exFat поддерживается только начиная с Vista, в ХР нужно доставлять апдейт чтобы все определялось.
Сейчас куда не пойди в большинстве компьютеров гуляют вирусы, потому наилучшим способом
если на флешке нет переключателя read-only будет форматирование ее в NTFS и задание параметров безопасности для всех пользователей как только для чтения, и создать себе какую-нибудь папку в которую открыть доступ к записи для всех, тогда портабельный софт будет защищен от изменения всякими вирусами,
и само собой будет страховка от создания файлов авторана autorun.inf и папок куда любят вирусы себя прописывать.. например RECYCLER
ставьте размер кластера NTFS не больше 8 кб это даст возможность сжымать содержимое папок и файлов,
это даст намного меньшую производительность при записи, но зато большый прирост скорости чтения, что и нужно для портабельного софта. В результате получите флешку защищенную от изменения вирусов, меньшый размер записанных данных используя сжатие, большую скорость чтения софта и папку для свободной записи.
Еще можно побаловаться с беозпасностью, я например настроил так что весь доступ для записи в мою флешку есть только с моего компьютера, а для всех остальных ''пользователей'' доступ только для чтения, мой компьютер защищен и не вызывает дискомфорта дописывать новые данные в ''безопасные'' папки и не дает вирусам из других компьютеров попортить программы и прописывать себя в автозагрузку.
Под линуксом - ext2 - и ограничений на размер файла нет, и усиленной нагрузки на ячейки памяти не наблюдается.
Под виндою - NTFS надежнее. зато быстрее выйдет из строя сам носитель.