MySQLi

Когда вы готовите выражение - оно отправляется на MySQL-сервер и анализируется и разбирается там.
После чего вы биндите конкретные данные и выполняете запрос - на сервер уходят уже данные с идентификатором запроса, запрос уже заранее был разобран и оптимизирован и MySQL-сервер только выполняет необходимые операции по чтению/записи данных.
Все преимущества проявляются когда нужно выполнить несколько одинаковых запросов, но с подстановкой разных данных:
а) (очень важно) выражение разбирается и оптимизируется только один раз, а не при каждом запросе (как это было бы в случае обычных запросов) - вы экономите время за счет исключения многократного разбора запроса, выполнении его оптимизации встроенным оптимизатором и тд. - когда поступают данные СУБД уже знает какие действия с ними выполнить и в каком порядке. Потом вы можете послать другие данные с которыми надо сделать то же самое (т. е. с использованием этого же выражения) и опять-таки MySQL уже не парсит запрос, а знает, что с этими данными делать
б) (второстепенно) запрос отправляется один раз, потом только данные - возможность чуть-чуть сэкономить на объеме передаваемых через сетевой стек данных
в) некоторые считают биндинг данных таким образом защитой от инъекций, хотя я не понимаю, чем указание формата данных и последующий биндинг принципиально отличается от mysql_real_escape_string или addslashes