Если уже выдано предписание явиться с вещами, то в таком случае, скорее всего, придётся обжаловать решение призывной комиссии в суде. Чем скорее будет подан иск, тем лучше. Призывника в таком случае нельзя отправить на службу до тех пор, пока судом не будет рассмотрен иск к призывной комиссии. Выигрышность дела вполне вероятна, так как по вашим словам терапевт не выписал вам акт на обследование, как вы говорите, "ссылаясь на всякую хрень". Никаких "ссылок" быть не должно. Если есть подозрение на заболевание, призывнику обязаны дать акт-направление на обследование. В суде доказательством необходимости такого обследования станут те результаты обследований, которые вы уже успели пройти.
Я думаю, что можно требовать повторного обследования, по причине что вы не удовлетворены результатами такого предыдущего, говорить что обследование было сделано не корректно со стороны врачей и вас не удовлетворил её результат, терапевт не смог чётко обосновать такое решение. Требуйте прохождение обследования у другого терапевта. В случае отказа требуйте обосновать его в письменном виде с датой подписью ответственного лица. Это не документ, пишется в свободном виде на листе бумаги. Такую же бумажку можно требовать у терапевта, где он должен написать о причинах принятия такого решения.
Обращаться лучше к начальнику сразу, т.к. его подчинённые запрягут вас принести им непонятные бумажки, побегать по кабинетам, вы просто потеряете время.
Возьмите с собой диктофончик, в гос структурах очень любят нахамить и даже прикрикнуть. В случае отказов и наличия выше описанных бумаг, можно будет отправиться в прокуратуру и написать жалобу, диктофонную запись так же можно будет приложить.
Слышал, что президент поставил задачу по набору призывников, цифра достаточно внушительная (точно не вспомню). Поэтому помните что у военкоматов поставлен план, и в вашем лице вполне возможно, незаконно, прикроют дырку в документах.