Как правильно бегать и расчитывать нагрузки, чтобы не принести вред здоровью ?

Для начала побегайте месяца 3, а потом и делайте себе такие нагрузки. А сейчас вы только калечите организм. Начинайте по-немногу, как организм примет.

Если плохо спали, лучше было отложить тренировку. Я в такие дни стараюсь не напрягаться - только хуже себе сделаю

Если не доспали (переели, перепили, приболели и т.д.) - лучше пропустить.
Бежать столько, чтобы к следующей пробежке пульс лежа восстанавливался бы до обычной для вас величины. Если пульс перед очередной пробежкой на >=5 ударов выше нормы, то организм не восстановился после предыдущей пробежки - пропустить или снизить километраж на  этой пробежке раза в 2.
Хорошо чередовать короткие-длинные пробежки. Как советовал Лидьярд, по дням недели примерно так S - 1,5S - S - 1,5S - S - 2S - 1,5S км.
Дыхание носом, 2 шага вдох - 2 шага выдох (шаг - одинарный), т.е. частота дыхания будет где-то 45 дых/минуту. Можно, конечно, дышать в режиме 2-3,  3-2,  3-3, если вам удобно.
Бегаю с 1986 года (еще со школы) с пропусками, недельный километраж доходил до 80 км в неделю. Максимум за раз было 28 км в основном по лесу (время 2:12), обычно бегаю по асфальту. Начинал с 3 км через день. Рекорды на стадионе 3'000м - 10.20 , 5'000м - 17.55,  10'000м - 36.13,5 , полумарафаон (по асфальту) 1:23.51. Аэробный темп (дыхание носом) доходил до 3.53/км.
Успехов в занятиях!