Как правильно сделать архитектуру БД для CMS (PHP, MySQL)

Столкнулся со следующей проблемой при разработке CMS:
Допустим есть 2 таблицы, с одинаковым названием определенных столбцов.
Частенько приходится использовать JOIN, для объединения данных с двух таблиц.
Но столбец таблицы до JOIN заменяется на столбец с тем же названием после JOIN.

Я вот не пойму - не правильно сделал архитектуру БД или не правильно получаю результат.
Может быть есть какая-то возможность получать параметры с двух таблиц в массив содержащий данные первой и второй таблиц отдельно?

Примечание:
Уровень знаний не самый низкий. И позволяет понимать, что переименование в запросе на самый лучший ход. Запросы будут выглядеть совсем жутко, а суть проекта - open source.

RPI.su - самая большая русскоязычная база вопросов и ответов. Наш проект был реализован как продолжение популярного сервиса otvety.google.ru, который был закрыт и удален 30 апреля 2015 года. Мы решили воскресить полезный сервис Ответы Гугл, чтобы любой человек смог публично узнать ответ на свой вопрос у интернет сообщества.

Все вопросы, добавленные на сайт ответов Google, мы скопировали и сохранили здесь. Имена старых пользователей также отображены в том виде, в котором они существовали ранее. Только нужно заново пройти регистрацию, чтобы иметь возможность задавать вопросы, или отвечать другим.

Чтобы связаться с нами по любому вопросу О САЙТЕ (реклама, сотрудничество, отзыв о сервисе), пишите на почту [email protected]. Только все общие вопросы размещайте на сайте, на них ответ по почте не предоставляется.