Как происходит задание плана полета крылатой ракете воздушного базирования?

Можно запрограммировать заранее, а дальше нужно будет только долететь в точку запуска - вот и все.

Во-первых, стратегические бомбардировщики не летают абы куда. У них есть заранее назначенные цели, выделенные эшелоны и тщательно продуманные планы захода на цель. Кроме того, самолёты класса Ту-95 сконструированы для нанесения в первую очередь ядерных ударов, а тут точность, как нетрудно догадаться, не столь уж и велика. В третьих, боезапас может быть двух основных типов - управляемый (самоуправляемый и корректируемый) и баллистический.  По поводу часа на наведение томагавков я тоже сильно сомневаюсь. Современные средства наведения позволяют каждой единице высокоточного оружия самостоятельно определять свои координаты и расчитывать необходимые параметры для наиболее эффективного поражения цели. Баллистическим же снарядам вообще нет нужды что-то расчитывать - куда жахнут, туда они и будут лететь, падать, планировать или пикировать, что правда негативно сказывается на точности попадания.

Не секрет, что ракеты шахтного базирования (про мобильные комплексы типа Тополь-М ничего не скажу, но вот ракеты на подлодках скорее всего тоже) уже запрограмированы на конкретные города и стратегические объекты в странах противника. Т.е. у нас есть несколько "воевод" (SATAN - по классификации НАТО) которые в случае столкновения однозначно полетят на Вашингтон, и у США есть несколько ракет, цель которых - Москва, которая не меняется уже десятилетия.
А по крылатым ракетам скажу так - у нас и у американцев достаточно сильно разнятся алгоритмы управления наведением ракеты, принципы однако схожи. Ну а цели аналогично - задаются перед вылетом.

В угрожаемый период авиация уже дежурит в воздухе. Пуск ракет выполняется по заранее запрограммированым целям.