Установка Mac Os через comd+R

1) Переустановку нужно делать ТОЛЬКО с установочной флешки (заранее созданной при помощи Мака).

Если глючит ось после какого-нибудь апдейта, то полная переустановка мажорной версии, пусть даже с сохранением юзеровских данных - это слишком радикально.
Само яблоко предлагает делать Repair Disk Permissions в таких случаях (в Disk Utility), но по факту есть более надежный вариант.
Скачатть Combo Update для своей же собственной версии оси (но именно Combo), и накатить его сам на себя. Для не-Combo не рекомендуется, для Combo это более чем безопасно.
Например, если у Вас 10.9.3, то отсюда:
http://support.apple.com/kb/DL1746
Вообще Combo-апдйеты можно накатывать поверх любых минорных версий, не превышающих версию Combo.
Т.е., например, 10.9.3 комбо можно накатывать поверх 10.9, 10.9.1, 10.9.2 и 10.9.3, но нельзя поверх 10.8.x
Комбо-апдейты вообще менее склонны к глюкам по сравнению с обычными, ставятся тоже достаточно шустро, так что если лишние полгига трафика не проблема - лучше через комбо апдейтиться, стабильнее система будет.