Как утилизировать гос. флаги РФ ?

Особых правил нет.
В мусор.

Пошлите в Грузию. У них дефицит. Уже все пожгли.

Сожгите, чтобы никто не видел, делов-то!

Вот Вы привели статью УК РФ. Дело в том, что для того чтобы квалифицировать деяния по этой статье нужно доказать вину. А вина имеет две формы: умысел и неосторожность. Применительно к этой статье только умысел. Соответственно, нужно доказать что положив флаг в пакет и в мусорный контейнер, Вы действовали с целью надругаться над флагом, а не с целью его утилизации. Что как Вы понимаете, практически невозможно. Конечно могли бы возникнуть сомнения если сделать это неаккуратно(например, выкинуть без пакета, чтоб было видно что флаг в помойке и т. п.), но если сделать всё в рамках приличия - никаких претензий. Это вроде как игра слов, но она отражает внутреннее отношение субъекта к деянию. Моя бабушка никогда не говорила "выкини хлеб в ведро" (хлеб нельзя выкидывать - это святое), но говорила "отнеси и положи хлеб в ведро". Суть одна и та же, но отражает внутреннее отношение. А умысел как раз и есть внутреннее отношение. Поэтому просто пойдите и аккуратно положите флаг в контейнер.