какой прогой можно поставить на скрытый раздел свой загрузчик?

Для windows 7 можно так (результат не гарантирую, т.к. сам не пробовал):
1. Создаете сборку windows с нужными Вам программами и настройками (см. здесь http://oszone.net/8616 - изучите полностью) или просто берёте оригинальный windows 7.
2. Нажав на значке Мой компьютер правой кнопкой - Управление - Управление дисками - там скрытому разделу назначьте букву, после чего, по идее он перестанет быть скрытым.
3. Копируете все файлы с компакт-диска windows в тот самый скрытый раздел, предварительно удалив все оттуда.
4. Делаете этот раздел загрузочным:
   Откройте командную строку и напишите:
   x: (где х - та буква, которую Вы назначили скрытому разделу)
   cd /boot
   x:\boot\bootsect /nt60 x:
Должно появиться сообщение "boot code was successfully updated on all targeted volumes" (как оно выглядит в русском windows - не знаю).
5. Затем проверьте там же, в управлении дисками, что этот раздел отмечен как активный ("active"). Если нет - правой кнопкой - "mark partition as active".
6. Теперь перезагрузите компьютер.
Будет автоматически запущен установщик с этого раздела и он добавит строку "Windows setup" в меню выбора ОС (т.е. не нужен дополнительный софт, для редактирования загрузчика windows).

От кого он скрытый? Его любой дисковый менеджер видит.  Берёшь и ставишь, что хочешь.

А еще можно присмотреться к grub4dos