За что так поступили с Каином?

Имхо, это попытка объяснить противостояние земледельцев и скотоводов. Евреи были скотоводами, поэтому земледелие рассматривалось, как занятие так называемых детей Каина.
При этом, действительно, как не крути в руках четвёртую главу книги Бытия, - виноват во всём в общем-то не Каин.

Здесь смысл такой: в Третьей главе Библии говорится, что за непослушание Адама земля была проклята, а Каин принес в дар Богу плоды с проклятой земли, поэтому Бог и не принял дар Каина. А  овцы, которые принес Авель, были всегда образом смирения, послушания. Недаром Авель назван пастырем овец. Это пророческое упоминание об Иисусе Христе, Агнце Божьем. Одним из титулов Которого был -  Пастырь овец .А Каин был первым убийцей в роду человеческом. И от него пошел род людей, восстающих против божьей воли.

Всё не так просто. О качестве жертв и сопровождавших священнодействие чувствах Вы читали.

насколько я знаю причина того, что Каин восстал на hевеля была в том, что корень Каина был плох, как и видно далее - по его линии были люди, которые обрабатывали железо и другие. Он решил принести в жертву Б-гу то, что было на земле выращено. Но Б-г не принял это жертву т.к. его брат принес более значимое приношение. Т.к. конечно, гораздо легче принести что то, что вырасло на поле, чем анца, к примеру. Б-г смотрит по намерениям и затраченным силам, которые выражаются в ДЕЙСТВИИ, а не пустая вера на словах.

Для получения прощения нужно было приносить кровные жертвы, ибо без пролития крови не бывает прощения. Принести в жертву ягнёнка, значит было показать свою веру в грядущего Иисуса Христа, который умрёт, как Агнец Божий за грехи всего мира. Авель эту веру проявил, а Каин отверг. Вот и всё.

В библии есть множество противоречивых мест, и причина вся в том что ее множество раз переписывали, переделывали.
Но суть была в не в том что Вегетарианец или нет, Авель мог и не есть мясо, а продавать овец и получать себе на жизнь. Но именно зависть стала причиной убийства. Зависть это один из шести врагов ума.
Опять же каждый просто исполняя свой долг перед Богом может достичь совершенства.
а поскольку толкования не ясны, то просто нужно обратиться к другим писаниям.
к той же Бхагават-Гите, Махабхарате и прочее.
Там описана подобная история, Когда Кришна приезжал с посольством к Кауравам, для заключения мира, Дурйодхана захотел умилостивить Кришну, сказав, что Кришна мягок сердцем, и он принимает от людей пищу, таким образом мы сможем переманить Его на свою сторону. Дурйодхана по всей дороге расставил шатры, где все пели Имена Кришны и танцевали красивые женщины,  но Кришна(Верховная Личность Бога) даже не смотрел в их сторону, и затем когда Дурйодхана пригласил Кришну на обед, тот отказался сказав:
"Принимать пищу можно либо когда ты Голоден, либо когда она приготовлена с Любовью и преданностью". и несмотря на то что был приготовлен Пир, и созвано множество гостей Кришна пошел обедать и отдыхать к своему преданному Видуре и принял там Банановой кожуры :), поскольку Видура был так заворожен Кришной, что очищал Бананы, и выбросив плод отдавал ему кожуру :) и Кришна Принял это подношение.
в то время как Дурйодхана стал злится на Кришну, а злость это и есть зависть.
Матсарья - это зависть, соперничество, недоброе отношение.
Е.С. Бхакти Вигьяна Госвами по ссылке:
"Вопрос: А есть ли такие анартхи, загрязнения, из-за которых наше сотрудничество с другими преданными становится невозможным?

Так было угодно Богу.

Там все сказано. Главная для Бога жертва - не приношение, а сердце человека (псалмопевец так и говорит: "Господи, устне мои отверзеши, и уста моя возвестят хвалу Твою. Яко аще бы восхотел еси жертвы, дал бых убо: всесожжения не благоволиши. Жертва Богу дух сокрушен: сердце сокрушенно и смиренно Бог не уничижит."). Видимо, в сердце Каина уже проникло что-то нечистое, на что Господь ему и указал, и даже объяснил это Каину далее, в 4 главе...

Он слишком много знал...

Каин и Авель. Эти два брата одинаково честным образом трудились и решили (видимо, в порядке уважения и благодарности) сделать Господу подарки. Господь ни того, ни другого не поблагодарил (видимо, это вообще не в его привычках), но без всяких объяснений дал понять, что подарок от Авеля ему понравился, а от Каина – нет.Воспитанные люди так себя не ведут. Господь, конечно, не человек, но какой пример он подает людям? В душе у Каина поселилась зависть к брату, но Всевидящий ее не заметил и мер никаких не принял, в результате чего произошло убийство. По современным взглядам человечества такой воспитатель был бы судим по статье «преступная халатность».Господь, однако, принял более оригинальное решение. Он сотворил знамение, по которому Каина стало невозможно убить, и пустил этого преступника скитаться по земле, среди людей, лишив его при этом еще всех средств к существованию. Приговор: убийцу сделать неуязвимым, обозлить и выпустить к людям… Преостроумно! Если, правда, предположить, что Каин после проклятия перевоспитался и стал для людей неопасным, то тогда Всевышний, устроив ему вечные муки, поступает просто как садист.(Н. Козлов_Философские сказки для обдумывающих житье, или Веселая книга о свободе и нравственности)