Сломается ли кондиционер, если его использовать с открытыми окнами?

кондиционер не сломается, но толку не будет. Холодный воздух будет выходить через окно, а заходить будет горячий с улицы.

Кондиционер воздуха, работающий на наружном воздухе, называется приточным, а на внутреннем воздухе - рециркуляционным, на смеси наружного и внутреннего воздуха - кондиционером с рециркуляцией.
При открытом окне вы теряете КПД своего кондиционера !

он просто работает, а толку нет

Кондиционер - это машина, рассчитываемая своими создателями, инженерами, для определенных режимов работы. Если вы эти режимы нарушаете, нарушая правила пользования, это, как минимум, приводит к дополнительному износу. А максимум - к поломке. Конечно, здесь должно сыграть свою роль несколько факторов, одного, для выхода из строя, может оказаться недостаточно. И всё же, вы же понимаете, я надеюсь, что работа кондиционера в таком режиме, как вы описываете - это работа на износ, как минимум. Про остальное сказано достаточно, не буду повторяться.
Что касается углекислого газа, то с чего вы взяли, что у вас в помещении углекислый газ? Если бы воздух в вашем помещении состоял из одного углекислого газа, вы потеряли бы сознание через пару-тройку минут, и мгновение спустя умерли бы.
Но, как все здесь могут убедиться, раз вы пишете (ведь это не предсмертная записка, надеюсь), вы до сих пор живы.