Разница огромная, тебе проще найти пару статей в нете и прочитать.
Основное: Fat32 -древнее её поддерживает Dos и все Windows. NTFS - только начиная с 2000 винды.
NTFS - более защищённая, поддерживает шифрование и много ещё всякой фигни. Разделы в NTFS - могут быть любого размера, в Fat 32 лучше больше 50 гигов не делать могут быть баги. Разделы FAT32 лучше вообще большими не делать, потеряешь много места на фрагментации.
Я делаю так(но у меня стоит несколько осей): системный раздел 7 гигов -Fat32, второй раздел 16 гигов - Fat 32 остальное NTFS.
Независтимо от файловой системы делай отдельный раздел под винду, а на другом храни данные, в случае чего восстанавливать систему гораздо проще
она 64битная., а фат 32 32 битная.
Это влиятет на максимальный обьём раздела и максимальный размер файла(для fat32 2^32байт=~4гб).
Дескрипторы безопасности - вот, пожалуй, главная фича NTFS - возможность устанавливать политики доступа не на уровне ОС, а на уровне файловой системы. Т.е. винт вынутый из родной тачки и подкинутый в другую просто так информацию не отдаст :)
Есть два основных отличия между ntfs и FAT (FAT-32).
1. У FAT фиксированный размер кластера и количество кластеров ограничено в зависимости от реализации FAT 12, 16, 32. Что приводит к тому, что чем больше размер раздела тем больше размер кластера. Это ведет к потере полезной емкости раздела при большом количестве мелких файлов особенно если они меньше размера кластера.
В NTFS размер кластера имеет "переменный размер", что позволяет более рационально использовать емкость раздела. Ему не так страшны мелкие файлы.
2. FAT не поддерживает "расширенные атрибуты", права пользователя на файлы не определяются вообще. т. е. любой исполняемый файл может быть запущен любым пользователем с любыми привилегиями.
NTFS поддерживает полный набор атрибутов на файлы и таких проблем с безопасностью у него нет.
Кроме того NTFS поддерживает такую возможность как "сжатие файлов" т. е. файлы на разделе хранятся в сжатом виде а при обращении к файлу автоматически распавовываются после чего выполняются. кроме того сжатие можно задать как группе файлов так и одному файлу, по желанию пользователя. Сжатие и распаковка файлов происходит прозрачно, практически незаметно для пользователя, немного теряется время на запуск файла.
Теперь про "историю". Если я не ошибаюсь, впервые NTFS появился в Windows NT 4.0 как альтернатива FAT-16 и HPFS, как более надежная файловая система. В Windows 2000 или Win NT 5.1 NTFS подвергся "довольно" существенной модернизации - он стал 32-х разрядным, появилось журналирование, улучшилось шифрование разделов. На сегодняшний день эта файловая система перетерпела еще несколько модернизаций, но про это, информацию вы можете почерпнуть на сайте microsoft.com.